Une équipe de recherche coréenne réunissant l'Institut national des sciences et technologies d'Ulsan (UNIST), le service de parodontologie de l'hôpital dentaire de l'Université nationale de Pusan, la faculté de pharmacie de l'Université nationale de Jeonbuk et l'entreprise d'analyse génomique Helixco Inc. a mis au point un modèle capable de distinguer, à partir de la seule composition bactérienne d'une goutte de salive, l'absence de parodontite et ses stades de progression (1 à 3). En comparant les gènes bactériens issus de la salive de 250 personnes, saines ou atteintes, la proportion de 20 espèces bactériennes a suffi à déterminer la présence ou l'absence de parodontite avec une précision de 92 %. Distinguer le stade 1, le plus précoce, d'une gencive saine restait toutefois difficile.
La salive remplace la sonde qui mesurait la gencive
Jusqu'à présent, la parodontite se diagnostiquait en cabinet dentaire en mesurant directement la profondeur des poches parodontales, le degré de récession gingivale et la présence de saignement à la pression. Cette méthode exige de se rendre chez le dentiste et les résultats peuvent varier légèrement selon l'examinateur. Le kit d'autodiagnostic de la parodontite déjà présenté dans nos colonnes mesurait quant à lui la concentration d'une enzyme de destruction gingivale (aMMP-8) dissoute dans un bain de bouche. Cette nouvelle étude ne s'appuie pas sur une enzyme, mais lit directement le type et la proportion des bactéries présentes dans la salive. Alors qu'un test prédisant les caries à partir des bactéries salivaires d'un nourrisson évaluait le risque de carie vers l'âge d'un an, cette étude élargit le champ d'application à la parodontite de l'adulte, jusqu'à en distinguer les stades de progression.
Quelles bactéries permettent de distinguer les stades
L'équipe a recueilli la salive de 100 personnes saines et de 150 patients atteints de parodontite aux stades 1 à 3 (50 par stade), tous examinés à l'hôpital dentaire de l'Université nationale de Pusan, et a séquencé les gènes bactériens (ARNr 16S). Parmi les 425 espèces bactériennes identifiées, 20 dont l'abondance variait nettement selon le stade ont été retenues, et leur proportion a été soumise à une méthode de classification par intelligence artificielle appelée forêt aléatoire (random forest). Parmi les 7 espèces qui augmentaient conjointement à tous les stades de la maladie figuraient Porphyromonas gingivalis et Tannerella forsythia, considérées comme les principaux agents pathogènes de la parodontite. À l'inverse, 3 espèces, dont des actinomycètes, étaient abondantes chez les personnes saines et diminuaient avec la progression de la maladie. Parmi celles-ci, la proportion d'actinomycètes s'est révélée être le critère de distinction le plus important dans les quatre méthodes de classification. La plupart des modèles existants ne prenaient en compte que les bactéries nocives en hausse ; le fait d'avoir aussi intégré les bactéries bénéfiques en baisse expliquerait pourquoi la spécificité de ce modèle dépasse celle des modèles précédents de plus de 17 points de pourcentage.
La précision varie selon ce qui est distingué
Pour la seule distinction entre présence et absence de parodontite, la précision (AUC) atteignait 92 % : sur 100 personnes malades, 86 étaient correctement identifiées, et sur 100 personnes saines, 92 étaient correctement écartées. Mais dès qu'il s'agissait de distinguer uniquement le stade 1, le plus précoce, d'une gencive saine, la précision tombait à 73 % : sur 100 personnes malades, 79 étaient repérées, mais sur 100 personnes saines, environ 38 étaient à tort classées malades. Dans la classification à quatre catégories (sain, stade 1, stade 2, stade 3) réalisée en une seule fois, la précision équilibrée ne s'élevait qu'à 76,8 %, et l'AUC variait de 68 % à 90 % selon le stade. Cela signifie que plus la parodontite progresse, plus les différences dans la composition bactérienne deviennent nettes, tandis que la frontière entre le stade 1, à peine amorcé, et une gencive saine reste floue.
Les résultats ont tenu face à des données d'autres pays
L'équipe a également testé le même modèle sur des données bactériennes déjà publiées en Espagne et au Portugal. Les données espagnoles provenaient toutefois non pas de la salive, mais de plaque dentaire prélevée dans les poches gingivales, un type d'échantillon différent qui a fait baisser certains indicateurs, dont la spécificité. L'équipe a qualifié cela de test exigeant, mené en alternant entre des types d'échantillons différents pour évaluer la robustesse du modèle. Comme le modèle a été construit à partir de participants coréens et que la composition bactérienne salivaire peut varier selon l'origine ethnique, une validation supplémentaire est nécessaire pour d'autres populations. Cette étude s'est fondée sur un prélèvement salivaire ponctuel pour déterminer le stade actuel ; elle ne prédit ni l'activité de la maladie dans le temps ni son évolution future. Le résultat n'en montre pas moins qu'une goutte de salive suffit à évaluer la présence de parodontite et son degré approximatif de progression.